創薬等支援技術基盤プラットフォーム(創薬等PF、PDIS)事業の背景には、旧来の構造生物学と生命科学の融合を目指す構造生命科学(Structural Life Sciences、SLS)の概念が存在しています。本ニュースウオッチでは、Nature (Nature Publishing Group), Science (AAAS/Science)などのジャーナルや各機関のプレスリリースなどから、生命現象全般を対象とした研究の成果・手法・動向を取り上げてお届けします。また、創薬等PFとその前身のターゲットタンパク研究プログラムTPRP)の活動・成果についても随時ご報告致します(タイトルにPDISまたはTPRPと表示いたします)。なお、NEWマークは、直近1週間以内に掲載した記事に付しています。

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2016年07月25日 
  • 米国では6月にペンシルベニア大学からの「CRISPR/Cas9技術によるがん免疫療法のファースト・イン・ヒューマン」申請がNIH組換えDNA諮問委員会の承認を得てFDAおよび大学からの承認を待っている。中国では、四川大学華西医院(成都市)のLu Youらが、6ヶ月程の審査期間を経て7月6日に病院の倫理委員会の承認を得て、CRISPR/Cas9によるがん免疫療法の治験を始めようとしている。
    • 転移性 ……
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2016年07月25日 
  1. [技術報告] 前頭前頭側頭型認知症の細胞モデルの作出
    • Corresponding authors: Yu Zhang; Kristine K. Freude (U. Copenhagen)
    • るエンドソーム輸送選別複合体Ⅲ(ESCRT-Ⅲ)のコンポーネントである多小胞体 (multivesicular body)/後期エンドソームタンパク質2B ( ……
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2016年07月24日 
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  • Corresponding authors: Neil P. King; David Baker (U. Washington, Seattle)
  • 自然は自己集合 (self-assembling)および共集合 (co-assembling)するタンパク質から多くの分子機械を構築している。正二十面体の (icosahedral)タンパク質が形作るケージ (cage)はその一例である。正二十 ……
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2016年07月24日 
  1. [論文] ゲノム編集技術によるタンパク質のグリコシル化が想定される遺伝子の機能解析
    • Corresponding author: Aleksandar Vojta (University of Zagreb)
    • グリコシル化は真核生物における重要なタンパク質翻訳後修飾である。ゲノムワイド関連解析(GWAS)からグリコシル化を伴う遺伝子座が多数推定されてい ……
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2016年07月23日 
  • Corresponding author: 木下賢吾(東北大学)
  • NHLBI Exome Sequence Projectから取得したSNV (Single Nucleotide Variants)のうち1,074,023SNVsをヒトタンパク質上にマップし、機能部位(BioLipから取得したリガンド結合部位とUniProtから取得した酵素活性部位)との位置関係を解析し機能に与える影響を探った ……
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2016年07月23日 
  • Corresponding authors: 中村 司;富井健太郎(産総研)
  • 研究チームは先行研究で、リガンド結合ポケット (LBP)を11次元のベクトルで表現することで、配列や構造のアライメントをすることなく、LBPの高速比較を実現していた。
  • 今回、 今回、アミノ酸の距離行列に変えてアミノ酸置換マトリックスPAM50を使用し、ポケットを表現する3種類のアミノ酸で定 ……
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2016年07月23日 
  • Corresponding author: 由良 敬(お茶の水女子大学・国立遺伝研学研究所)
  • GroELは、十四量体のシャペロニンであり、7量体のGroESとATP7分子と協働してタンパク質のフォールディングを助ける。この時、GroELのコンフォメーションがATPによって変化するが、ATPの加水分解は必要とされていない。
  • 研究チームは今回、PDBに登録されているGroE ……
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2016年07月23日 
Nature 誌 (2016年7月20日)に、CRISPR/Casゲノム編集狂騒の中でビッグネームとその研究室で実験研究を続け画期的論文の第一著者にもなった研究者に対する認知度を対比したEDITORIALとFEATUREの記事が掲載された。
  • [EDITORIAL] 忘れ去られた科学界の歩兵に報いるべし
     CRISPR/Cas9遺伝子編集の物語は少数のビッ ……
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2016年07月23日 
  1. [論文] デイジー・チェイン型遺伝子ドライブ:遺伝子ドライブを局所的かつ一時的にとどめるモデルを提唱
    • Corresponding author: Kevin M. Esvelt (Media Laboratory, MIT)
    • 遺伝子ドライブは特定の地域に生息する標的生物種だけでなく、地球上のあらゆる地域の標的生物種の遺伝子を改変してしまう可能性がある ……
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2016年07月22日 
  • 6月1日にFDAは、ロシュ社の“cobas® EGFR Mutation Test v2”をGenentechの抗がん剤タルセバ®(エルロチニブ)のコンパニオン診断として認可した。リキッドバイオプシーとして初の認可であった。このテストは、非小細胞肺癌の10-20%に存在する上皮成長因子受容体(EGFR)遺伝子変異(エクソン19の欠損またはエクソン21における置換変異L858R)を検出する。
  • 7 ……
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2016年07月22日 
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  1. [展望] CRISPR/Cas9のオフターゲット編集判定法の問題
    • Corresponding authors: Stefano Stella; Guillermo Montoya (Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research)
    • オフターゲットの評価法の解説(参考図1参照);VFGF ……
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2016年07月22日 
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  • Corresponding author: 平野智也(東京医科歯科大学)
  • SETD7 遺伝子にコードされているSet7/9はヒストンのリジン残基をメチル化する酵素(Histone-Lysine N-Methyltransferase)であるが、他のタンパク質(例 p53 - 参考図1[情報拠点VProSで作成]参照))のリジンも標的とし、ひいてはシグナル伝達(例 酸化ストレス応答 ……
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2016年07月21日 
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  • Corresponding author: 近藤昌夫(大阪大学)
  • クローディン(claudins; CLDNs)は、隣り合う上皮細胞の隙間をシールし(密着結合;タイトジャンクション;TJ)、上皮バリアを形成して細胞極性を維持する4回膜貫通タンパク質であり、27メンバーからなるファミリーを形成している。CLDNsの機能不全は発癌と炎症を含む病的状況と相関し、また、C型肝炎ウイルスの補助受容体とな ……
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2016年07月21日 
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  • Corresponding author: 柚崎通介(慶應義塾大学); A. Radu Aricescu (University of Oxford)
  • 中枢神経系における興奮性神経伝達は、主として、イオンチャネル型グルタミン酸受容体(ionotropic glutamate receptor; iGluR)ファミリーメンバーが担っている。神経細胞間に形成されるシナプスにおいて、シナプス前細胞か ……
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2016年07月20日 
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  • Corresponding author: Roger K. Sunahara (U. Michigan Medical School/UCSD School of Medicine)
  • GPCRは細胞外からのシグナルを受容し細胞内へと伝達する装置である(参考図右参照)。フォトン、低分子、ホルモン、ペプチドあるいはタンパク質まで広汎なリガンドを受容するGPCRはリガンド結合によって膜貫通へリック ……
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2016年07月19日 
  • Corresponding author: F. Ulrich Hartl (MPI Biochemistry)
  • [背景]
    • タンパク質はそれぞれ独自の3次元構造にフォールド(fold)することで然るべく機能する。リボソームから新生するタンパク質は、in vitro と異なり、全ての関連因子が同時にアクセスすることが困難であり極めて混み合った(crowded) ……
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2016年07月19日 
  • Corresponding author: Yihong Ye (National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases)
  • ミスフォールドしたタンパク質は通常プロテアソームで分解される。研究チームは今回、プロテアソームが損傷したり阻害された場合に、正常な立体構造をとりえなかったタンパく質を細胞から除去する新たなパスウエイ ……
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2016年07月18日 
  1. [論文] HIV-1プロウイルスがCRISPR/Cas9ゲノム編集に対する耐性を獲得する機構
    • Corresponding author: Kristine E. Yoder (The Ohio State University Medical Center)
    • CRISPR/Cas9によりヒト細胞のゲノムに入り込んだHIV-1プロウイルスのゲノムを切断 ……
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2016年07月18日 
  1. [論文] Thermococcus onnurineus のタイプIV-CRISPR/CasシステムにおけるCas2の構造
    • Corresponding author: Eui-jeon Woo (Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology)
    • CRISPR/Casシステ ……
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2016年07月17日
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  • Corresponding authors: 野田展生(微生物化学研究所);大隅良典(東京工業大学)
  • 栄養飢餓状態に陥った酵母で誘導されるオートファジーは、PAS(pre-autophagosomal structure)の形成から始まり、PAS形成は、Atg1、Atg13およびAtg17-Atg29-Atg31部分複合体からなるAtg1複合体の形成から始まるとされている。研究チームは今回、X ……
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2016年07月17日
  1. [論文] 増殖しているヒト細胞のテロメアにおけるDNA二本鎖切断の相同組換え修復
    • Corresponding author: Yong Zhao (Sun Yat-sen University)
    • テロメアは、DNA配列“T​T​A​G​G​G​/​A​A​T​C​C​C”の反復とシェルタリンと呼ばれるタンパク質群で構成され、染色体末端が染色DNA二本 ……
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2016年07月16日
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  • Corresponding authors: Andrea C. Vaiana (MPI Biophysical Chemistry,); Daniel N. Wilson (U. Munich)
  • [背景] リボソームによってDNAから翻訳伸長するポリペプチドがフォールドしてタンパク質が生成される。翻訳伸長速度は均一ではなく、翻訳途上の新生鎖ポリペプチドが翻訳伸長を一時停止(翻訳アレスト)して ……
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2016年07月16日
  1. [技術報告] カエル跳び方式 (leapfrogging): 始原生殖細胞移植によって、CRISPR/Cas9による必須遺伝子変異を保持する系統を作出
    • Corresponding author: Ira L. Blitz (University of California, Irvine)
    • CRISPR/Cas9は遺伝子機能喪失実験を様変わりさせたが ……
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2016年07月15日
  • Corresponding authors: Keriann M. Backus; Benjamin F. Cravatt (The Scripps Research Inst.)
  • 創薬において、標的タンパク質に対するリード化合物の導出に向けて、HTS(ハイスループットスクリーニング)に続いてFBLD(fragment-based lead discovery)が開発・普及されてきたが、多くの ……
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2016年07月15日
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 構造生命科学データクラウドVaProSは、研究対象のタンパク質について、立体構造情報、ゲノム情報、トランスクリプトーム、インタラクトームなどのデータベースを網羅横断的に調べ統合的に検証することで、未知なる生命現象解明のためのヒントを探り出すために開発されたデータベースです。
 講習会ではVaProSの使い方を、実際にPCを用いながらご紹介いたします。まず、VaProSの全体像を説明したあと、ホモロ ……[全文表示]

2016年07月14日
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  • Corresponding authors: Ultan McDermott, Mathew J. Garnett (Sanger Inst.)
  • Wellcome Trust Sanger Instituteを始めとする国際共同研究チームは今回、癌患者臨床サンプルと癌細胞株のファーマコゲノミクスのデータを融合することで、癌細胞株での抗がん剤のスクリーニング結果を個別化医療に展開可能とする情報基 ……
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2016年07月14日
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  • Corresponding author: 海野昌喜(茨城大学)
  • ペプチジルアルギニンデイミナーゼ(PAD; EC 3.5.3.15)は、カルシウムイオン依存でタンパク質のアルギニンをシトルリン(citrulline)ヘと脱イミノ化する翻訳後修飾酵素である。研究チームは今回、カルシウムイオン存在下で結晶化したヒトPAD1の活性型の構造を分解能 3.2 Åで決定した(シトルリン化反応について ……
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2016年07月13日
  • 文部科学省ライフサイエンス委員会創薬研究戦略作業部会は、2016年6月23日の第6回委員会において、
    1. 創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業事後評価結果(案)について(非公開)
    2. 日米欧における医薬品開発への大学等の寄与に関する動向について
    3. 今後の戦略的な創薬研究の推進方策について
    4. その他
    5.  ……
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2016年07月13日
  • Corresponding author: 石川 稔(東京大学)
  • 薬剤候補のような機能分子には水溶性が必須である。研究チームはこれまで古典的手法に変わる分子間相互作用の破壊による水溶性向上を試みてきた。古典的手法とは、化学修飾(分子への親水性基導入)による分配係数の低減である。
  • 今回、レチノイン酸受容体(Retinoic Acid Receptor; PAR)アゴニスト ……
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2016年07月13日
  • Corresponding authors: 加藤幸成(東北大学)
  • ポドプラニン(podoplanin; PDPN)は、腎糸球体、リンパ管内皮細胞、I型肺胞上皮細胞のポドサイトを含むいくつかの正常組織で発現している。PDPNは、血小板上のC型レクチン様受容体2(C-type lectin-like receptor-2; CLEC-2)に結合し、血小板凝集活性を発揮する。これまでに、ヒト、マ ……
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