創薬等支援技術基盤プラットフォーム(創薬等PF、PDIS)事業の背景には、旧来の構造生物学と生命科学の融合を目指す構造生命科学(Structural Life Sciences、SLS)の概念が存在しています。本ニュースウオッチでは、Nature (Nature Publishing Group), Science (AAAS/Science)などのジャーナルや各機関のプレスリリースなどから、生命現象全般を対象とした研究の成果・手法・動向を取り上げてお届けします。また、創薬等PFとその前身のターゲットタンパク研究プログラムTPRP)の活動・成果についても随時ご報告致します(タイトルにPDISまたはTPRPと表示いたします)。なお、NEWマークは、直近1週間以内に掲載した記事に付しています。

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2016年08月28日 
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  1. [論文] mRNAからgRNAライブラリーを構築:あらゆる生物を対象として、また、バイオインフォマティクスで特定できないゲノム領域の編集も可能に
    • Corresponding author: 荒川 央(IFOM-FIRC)
    • CRISPR/Cas9の利用には、PAMに隣接した20塩基の配列を予め知っておく必要がある。荒川は今回、分子生物学の技術を駆使 ……
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2016年08月28日 
  • Corresponding authors: Justin M. Drake (UCLA/Rutgers-Robert Wood Johnson Medical School);
    Owen N. Witte (UCLA); Joshua M. Stuart (UCSC)
  • “pCHIPS”は、Phosphorylation-based Cancer  ……
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2016年08月28日 
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  • Corresponding author: 山田哲司(国立がん研究センター研究所)
  • 大腸癌のほとんどで、Wntシグナル伝達に関与するAPC、β-カテニン(catenin)、TCF4などの遺伝子に体細胞変異が生じ、Wntシグナル伝達が恒常的に活性化されている。この活性化は、大腸癌細胞に化学療法に対する耐性をもたらす癌幹細胞生成を誘導する。したがって、Wntシグナル伝達阻害は癌療法として有望であ ……
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2016年08月27日 
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  1. [論文] Cas3により分解された標的DNAの断片が、CRISPR獲得免疫応答のプライミングを燃えさせる
    • Corresponding author: Stan J.J. Brouns (Wageningen U./Delft U. of Technology)
    • プライミング(priming)は予備刺激による免疫システムの賦活化を意味し、脊椎動物、 ……
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2016年08月26日 
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  1. [論文] CRISPR/Cas9によるマウスES細胞のゲノム編集とキメラ解析の組合せは機能ゲノミクスに有用である
    • Corresponding author: 伊川正人(大阪大学)
    • マウスの遺伝子破壊は受精卵におけるsgRNA/CAS9複合体の発現により実現可能になった。しかし、ゲノムの大規模な削除、点変異導入、また、ノックインといった複雑なゲノム ……
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2016年08月26日 
  • Corresponding author: 山本恵子(昭和薬科大学)
  • 核内受容体の一種であるビタミンD受容体(VDR)は、活性型ビタミンDの1α, 25-ジヒドロキシビタミン D3結合を受けて、そのコンフォメーションが変化し、多数の遺伝子の発現を制御するに至る。このVDRの活性化は、リガンド結合ドメイン(LBD)に位置するhelix 12の局所的コンフォメーション変化に依 ……
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2016年08月26日 
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  • Corresponding author: 河野秀俊(量子科学技術研究開発機構)
  • 分子動力学シミュレーション(MD)による生体分子の動態解析には、変異の有る無しやリガンド結合の有無など、異なる条件下で得られる複数のトラジェクトリーの比較は必須である。しかし、生体分子全体の振動がトラジェクトリー間の差異を覆い隠してしまうため、複数のトラジェクトリーの差異を見抜くのは実は容易ではない。  ……
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2016年08月26日 
  • Corresponding author: 唐澤 悟(九州大学)
  • TEMPO (2,2,6,6-tetramethylpiperidine 1-oxyl)ラジカルと、ウレア、アルキル基およびフェニル環を含む有機ラジカル超分子TEMPO-UBDを開発し、非金属MRI造影剤への可能性を示した。
    • 動的光散乱法と透過電顕によると、TEMPO-UBDは水溶液中で非共有結合により1 ……
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2016年08月25日 
  • Corresponding author: 中川秀彦(名古屋市立大学)
  • サーチュイン遺伝子(sirtuins, SIRTs)はNAD+依存のヒストン脱アセチル化酵素であり、哺乳類では、SIRTsの不全によって老化に伴う代謝疾患や癌に関与することから、SIRTの調節は魅力的な療法と考えらえる。しかし、適切なスクリーニング法が存在せず、また、生細胞における内因性SIRTの活性 ……
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2016年08月25日 
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  • Corresponding author: 櫻井宏明(富山大学)
  • 受容体型チロシンキナーゼ(receptor tyrosine kinases, RTKs)のErbBファミリーは、上皮成長因子受容体(EGFR=ErbB1)、ErbB2(=HER2)、ErbB3、ならびにErbB4で構成され、MAPKや(PI3K)/Aktパスウエイを含む細胞内シグナル伝達を活性化し、細胞の増殖、分化、そして死 ……
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2016年08月25日 
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  • Corresponding authors: 難波啓一(大阪大学);本間道夫(名古屋大学)
    PDIS実施研究者:土方敦司; 白井 剛(長浜バイオ大学)
  • バクテリアのべん毛モーターは、固定子(stator)と回転子(rotor)の相互作用によって駆動される。
    • 駆動のエネルギーは、固定子チャネルを介して細胞外から細胞内へ流れ込むイオン流から供給される。固定子は ……
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2016年08月25日 
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  • Corresponding author: 大渕勝也(ツムラ研究所/国立がん研究センター研究所)
  • 様々な疾患に由来する疼痛の治療に、トリカブトの塊茎由来の生薬である加工附子(processed Aconite tuber, PAT)が利用されている。PATは、κオピオイド受容体(κ opioid receptor, KOR)シグナル伝達経路を介して、鎮痛作用示すことが知られてい ……
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2016年08月25日 
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  • Corresponding author: 木下賢吾(東北大学)
  • 多種多様な酵素反応が知られているが、それらの構造基盤は必ずしも明らかにされていない。NLDB(Natural Ligand Database)は、KEGGに登録されている代謝パスウエイ上の酵素反応について、タンパク質とリガンドの3次元相互作用を自動的に収集及び予測したデータベースである。
  • NLDBの元デー ……
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2016年08月25日 
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  • Corresponding author: 川端 猛(大阪大学)
  • HOMCOSの由来は“HOmology Modeling of COmplex Structure”。
  • PDBにおける複合体構造のエントリー数が急速に増加しつつあるが、それでも、これまで報告されてきた分子間相互作用数には遠く及ばない。HOMCOSは、PDBに登録された複合体立体構造の検索とモデリングを可能 ……
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2016年08月24日 
  • GenomeWebが、2016年8月17〜20日にCSHLで開催された“Genome Engineering: The CRISPR-Cas Revolution”の「空気」を速報。
  • 2015年会合からの1年でCRISPRは“魅惑”から“ツール”に変わったとし、主催者の一人Jennifer Doudnaの一連のコメントを引用
    • “CRISPR/Cas9は今や必ずしも論文のタ ……
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2016年08月24日 
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  1. [論文] Escherichia coli Vibrio cholerae のセンサーと成す
    • Corresponding author: Chueh Loo Poh (Nanyang Technological University)
    • V. cholerae のクオラムセンシング(quorum sen ……
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2016年08月24日 
  • PDISの今後に関わる資料が「文部科学省ライフサイエンスの広場」から公開されました。いずれも7月27日開催科学技術・学術審議会 研究計画・評価分科会「ライフサイエンス委員会(第79回)」の配布資料となります。
    • 創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業 事後評価票
    • 創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業 事後評価報告書
    • 今後の戦略的な創薬研究の推進方策 ……
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2016年08月23日 
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  1. [論文] ゲノム編集技術を利用したHIV-1のネガティブ・フィードバック制御
    • Corresponding authors: Pablo Perez‑Pinera (U. Illinois at Urbana-Champaign); Zheng‑Yi Chen (Harvard Medical School and Eaton-Peabody Laboratory)  ……
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2016年08月23日 
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  1. [論文] ヘッジホッグシグナル伝達経路におけるSmoothened(SMO)活性化機構の構造基盤
    • Corresponding authors: Rajat Rohatgi (Stanford U. School of Medicine); Christian Siebold (U. Oxford)
    • GPCRに属するSmoothened(SMO: ス ……
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2016年08月23日 
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  • Corresponding author: Christopher G. Tate (MRC Laboratory of Molecular Biology)
  • アデノシンA2A受容体(Adenosine A2A receptor、A2AR)の構造については、不活性状態と活性中間体(active-intermediate)の構造情 ……
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2016年08月22日 
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  • Corresponding author: Eric Gouaux (Oregon Health & Science University)
  • [AMPA受容体] 中枢神経系に広く分布して記憶や学習に関与するAMPA受容体(AMPA型グルタミン酸受容体)は、4種類のサブユニット(GluR1; GluR2; GluR3l; GluR4)で構成されるイオンチャネル共役型受容体である。各GluRサ ……
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2016年08月22日 
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  • Corresponding authors: Werner Kühlbrandt; Thomas Meier (Max Planck Institute of Biophysics)
  • [F型ATP合成酵素(ATPシンターゼ)] 化学的モーターF1と電気的モーターFoの2つの部位で構成されるATP合成装置である。F1とF ……
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2016年08月22日 
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  • Corresponding author: Dieter Brömme (University of British Columbia)
  • 研究チームは今回、天然物産物からヒット化合物を同定しリード化合物を導出・評価するまでに要する期間を大きく短縮する手法“affinity crystallography”を開発し、骨粗鬆症治療薬として研究開発が進められているシステインプロテアーゼのカテプシン ……
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2016年08月21日 
  • Corresponding authors: Charalampos G. Kalodimos (University of Minnesota)
  • 分子シャペロンは ファミリーごと固有の特性として、細胞内でクライエントのタンパク質を非天然型(non-native)のコンフォメーションからフォールディングまたはアンフォールディングへと誘導し、凝集を防止し、プロテオームの機能を維持する。しかし、フ ……
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2016年08月21日 
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  • Corresponding author(清华大学論文): Yigong Shi
    Corresponding authors(MRC論文): Wojciech P. Galej; 長井 潔
  • 巨大なタンパク質とRNAの複合体であるスプライソソームによって、転写合成された一次転写産物(mRNA前駆体)からイントロンが除去されエクソンが結合するスプライシング(splicing)が進行し ……
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2016年08月21日 
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  • Corresponding authors: Patrick Matthias (三宅論文, FMI/U Basel); David W. Christianson (Yang Hai論文, U. pennsylvania/Harvard U.)
  • ヒトのヒストン脱アセチル化酵素HDACsとして18種類が知られており、進化系統解析から4つのクラス(I〜Ⅳ)に分類されている。HDAC6はクラスⅡ ……
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2016年08月20日
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  • Corresponding authors: Kutti R. Vinothkumar (MRC Laboratory of Molecular Biology); Judy Hirst (MRC Mitochondrial Biology Unit)
  • 研究チームはクライオ電顕法により2014年にウシミトコンドリア由来の呼吸複合体I(NADH:ユビキノン還元酵素)の構造を分解能4.95 Åで再 ……
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2016年08月20日
  • Corresponding author: 小林久隆(National Cancer Institute, NIH)
  • 画期的な効果が見られる癌免疫療法として現在、免疫を抑制する細胞とエフェクター細胞のバランスを調節することで抗腫瘍免疫反応を亢進する手法に注目が集まっている。この手法が及ぶ領域を全身から癌組織へと限定することができれば、過剰な自己免疫応答を回避することが可能になり、理想的である。 ……
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2016年08月20日
  • 2016年8月11日、IBMとHangzhou Cognitive Network Tech Co., Ltd (2016年1月設立)は、中国全土の21病院が「Memorial Sloan Ketteringが"教え込んだ"Watson for Oncology」を採用すると発表した。
  • Hangzhou CognitiveCareは遠距離医療相談(teleconsultation)を活用して種 ……
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2016年08月19日
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  • Corresponding author: Daniel G. MacArthur (Massachusetts General Hospital/Broad Inst.)
  • Nature 誌2016年8月18日号に、2014年10月20日に一般公開されたエクソーム変異データベースを総合的に解析した報告が掲載された。
  • このデータベースは、Exome A ……
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